Saikin, Imouto no Yousu ga Chotto Okashiinda ga. mengikuti kisah sebuah keluarga yang baru saja mulai membangun kembali keluarga mereka. Ketika mereka menikah, Tuan dan Nyonya Kanzaki membawa serta seorang putra dan putri remaja. Namun, Mitsuki Kanzaki, seorang siswi baru SMA, tidak begitu senang. Sakit hati karena sejarah sosok ayah yang tidak ada dan kasar, ia lambat menerima ayah tiri dan saudara tirinya.
Namun, setelah sebuah kecelakaan membuat Mitsuki dirawat di rumah sakit, ia mendapati dirinya dirasuki oleh hantu Hiyori Kotobuki, seorang gadis seusianya yang sangat mencintai saudara tiri Mitsuki, Yuuya. Hiyori tidak dapat meneruskan hadiah terakhirnya karena cintanya yang tak terbalas kepada Yuuya, yang berarti ia harus melakukannya... di tubuh Mitsuki?!
Sekarang, hidup Mitsuki bergantung pada upayanya membawa Hiyori ke Surga. Namun, apakah ia akan terbiasa berbagi dirinya dengan hantu yang agresif dan penuh cinta? Bisakah dia mengatasi rasa tidak percayanya pada keluarga barunya? Bisakah dia memenuhi perasaan Hiyori terhadap Yuuya? Dan mungkinkah dia menyembunyikan beberapa perasaannya sendiri?
