Pada tahun 2035, sebuah insiden yang dikenal sebagai "The Burst" terjadi di sebuah fasilitas penelitian Jepang, yang melahirkan "Materi" yang berkembang pesat, memakan, dan mereplikasi dirinya sendiri. Menyelusup melalui sisa-sisa bendungan dan fasilitas militer di Ngarai Kurobe, Materi yang bermusuhan itu dikepung oleh satuan tugas yang berusaha mencegahnya mencapai lautan dan tentara bayaran yang mencari kebenaran di balik keberadaannya.
Aiko Tachibana hidup di bawah pengawasan medis terus-menerus setelah diselamatkan dari Materi. Ia menghabiskan hari-harinya menunggu kesembuhannya dengan membuat pesawat kertas. Tak lama kemudian, kehidupan sehari-harinya di sekolah terganggu oleh kedatangan murid pindahan Yuuya Kanzaki, yang mulai menunjukkan sejumlah ketidakkonsistenan mengenai tubuhnya. Mengapa ia tidak pernah terluka, dan mengapa ia tiba-tiba tidak lagi membutuhkan kursi rodanya? Ia mengklaim bahwa ada lebih banyak hal dalam keberadaannya daripada yang selama ini ia yakini, dan bahwa hanya ia yang memegang kunci untuk mengakhiri The Burst.
Dengan banyaknya faksi yang kini tertarik pada Aiko, dia dan Yuuya harus mengumpulkan sekutu dan memulai perjalanan berbahaya ke jantung jurang yang penuh dengan makhluk itu sebelum jaring itu dapat menutupi mereka. Untuk lolos dari konspirasi yang bergerak melawan mereka, pasangan itu harus berhadapan dengan Matter—musuh yang mengalir seperti air.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
