Pada tahun 1939, umat manusia berada di ambang kehancuran. Dilengkapi dengan senjata yang sangat dahsyat, ras alien misterius yang dikenal sebagai Neuroi, memulai invasi ke Bumi, menghancurkan planet ini, meluluhlantakkan negara-negara, dan mengalahkan pasukan manusia. Untuk melawan kekuatan yang tampaknya tak terhentikan ini, kekuatan dunia bersatu. Sebuah perangkat baru diproduksi, yang disebut Striker Unit, yang mampu menghadapi teknologi Neuroi. Gadis-gadis yang dilengkapi dengan Striker Unit dikenal sebagai Witches, membentuk garis pertahanan terakhir umat manusia. Mereka memulai pertarungan melawan Neuroi, memanfaatkan kemampuan magis mereka yang kini telah ditingkatkan, memamerkan senjata penghancur yang tidak dapat digunakan oleh manusia mana pun.
Maju cepat ke tahun 1944—Yoshika Miyafuji adalah seorang gadis remaja yang akhirnya memutuskan untuk bergabung dengan 501st Joint Fighter Wing, yang dikenal sebagai “Strike Witches.” Namun, tanpa pelatihan formal, dapatkah Miyafuji belajar bekerja sama dengan sesama Strike Witches? Dan jika demikian, bisakah dia menyelamatkan manusia dari serangan Neuroi?
[Ditulis oleh MAL Rewrite]