Sersan Sousuke Sagara kembali ke Sekolah Menengah Atas Jindai untuk melindungi aset perang yang berharga, Kaname Chidori, dari segala ancaman. Akan tetapi, kurangnya keterampilan sosial dan pengalaman hidup nyata mengakibatkan situasi yang lucu namun berbahaya, membahayakan kehidupan sekolah yang damai yang Kaname dambakan. Saat Sousuke terus membawa berbagai macam senjata ke sekolah sebagai sarana untuk mengatasi ancaman—nyata atau palsu—Kaname berjuang untuk memenuhi tugasnya sebagai wakil presiden dewan siswa sambil mengawasinya.
Untuk memastikan misi yang berhasil, Sousuke terkadang terpaksa menggunakan kostum maskot taman hiburan terkenal yang disebut Bonta-kun. Dengan keahlian teknisnya, ia akhirnya mengubah seragam yang meriah itu menjadi rangka luar canggih yang hanya memiliki satu disfungsi: penerjemah suara hanya dapat menghasilkan suara "mofu."
Full Metal Panic? Fumoffu menggambarkan petualangan Kaname dan Sousuke saat mereka mencoba menjalani kehidupan sekolah mereka yang normal meskipun kekacauan yang mereka sebabkan secara tidak sengaja.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
