Sekembalinya dari liburan musim panas, para siswa Kelas 3-E di Sekolah Menengah Kunugigaoka yang bergengsi menghadapi tantangan yang tidak ada duanya. Dihadapkan pada kemungkinan kehancuran dunia, para siswa harus menemukan cara yang semakin rumit dan kreatif untuk membunuh guru mereka, Koro-sensei yang licik namun optimis dan suka membantu.
Namun, melenyapkan Koro-sensei bukanlah satu-satunya tujuan yang perlu dikhawatirkan oleh para siswa. Gakuhou Asano, kepala sekolah yang kejam dan kejam, berupaya mencegah kesuksesan Kelas 3-E dengan mencuci otak murid-murid pekerja keras lainnya agar menjadi mesin belajar yang sangat kompetitif. Permusuhan mulai terasa saat pengkhianat dan pembunuh berusaha mengklaim hadiah atas kepala Koro-sensei untuk diri mereka sendiri.
Nagisa Shiota, salah satu pembunuh paling terampil di Kelas 3-E, mendapati dirinya berada di tengah konflik. Meskipun ia berupaya mempertahankan prestasi akademisnya dan mencegah kiamat, urusan rumah tangga membahayakan tempatnya di Kelas 3-E. Bersama dengan teman-teman sekelasnya yang berdedikasi, dia kini harus menghadapi ancaman secara langsung.
