Setelah perang antarplanet di awal abad ke-21, planet Bumi telah hancur, dengan sebagian besar ekosistemnya hancur total. Karena tidak mungkin lagi menjalani kehidupan normal di planet ini, para penghuninya terpaksa pindah ke planet lain yang diharapkan akan lebih nyaman untuk ditinggali.
Deep Galactic Trade Organization, sebuah pemerintahan totaliter yang memengaruhi banyak planet yang baru dihuni, entah bagaimana telah sampai pada kesimpulan bahwa musik adalah sumber kejahatan, dan harus dilarang dan dihancurkan untuk selamanya. Grup bakat AKB0048 segera dibentuk, berdasarkan anggota AKB48 asli yang pernah hidup di Bumi. Meskipun musik mereka sekarang dianggap ilegal secara universal, mereka menjadikan misi mereka untuk menghidupkan kembali musik mereka dengan bepergian dari satu planet ke planet lain dan mengadakan konser sebanyak mungkin. Mereka harus menjalani serangkaian metode pelatihan baru untuk menjadi yang terbaik, sambil juga menghindari bahaya penangkapan terus-menerus karena musik mereka. Bergabunglah dengan bintang pop antarplanet AKB0048 saat mereka mencoba menyelamatkan dunia－dengan musik!
