Terletak di pegunungan dekat Sekolah Menengah elit Kunugigaoka terdapat sebuah bangunan kecil terlantar yang menampung anak-anak nakal dan putus sekolah Kelas 3-E. Diremehkan oleh teman-temannya, para siswa di kelas ini tampaknya memiliki sedikit harapan dalam memajukan karir akademisnya. Sampai pemerintah pusat menugaskan mereka untuk menghilangkan ancaman terbesar bagi planet mereka: guru baru mereka.
Setelah menghancurkan bulan, profesor mirip gurita, dijuluki Koro-sensei kini mengancam akan menghancurkan Bumi pada bulan Maret tahun berikutnya. Mengingat misi mereka, para siswa menyadari bahwa membunuhnya lebih mudah diucapkan daripada dilakukan. Koro-sensei tidak hanya bisa bergerak dengan kecepatan hingga Mach 20, tapi dia juga bisa melawan hampir semua senjata duniawi. Ironisnya, ia juga terbukti menjadi salah satu guru terbaik yang pernah dimiliki Kelas 3-E. Melatih kelas agar unggul dalam studi mereka sebagai siswa dan keterampilan sebagai pembunuh, Koro-sensei yakin bahwa kemampuan siswanya akan meningkat. kecerdikan dan kemauan yang gigih bisa mengembalikan mereka ke kampus utama.
Melalui trial and error, Nagisa Shiota, serta siswa Kelas 3-E lainnya, harus mengetahui kelemahan Koro-sensei—dan dengan cepat, karena nasib dunia bergantung padanya.
