Makoto Naegi, seorang remaja tanpa bakat istimewa, terkejut saat mengetahui bahwa ia telah diterima di Hope’s Peak Private Academy: sebuah sekolah elit yang mengumpulkan siswa-siswa terbaik dari berbagai bidang. Meskipun yakin bahwa penerimaannya hanya kebetulan, Naegi senang bisa masuk ke sebuah institusi yang dikenal karena memastikan kesuksesan bagi mereka yang lulus. Dengan tekad bulat, ia memasuki pintu depan akademi bergengsi tersebut.
Namun, setelah kehilangan kesadaran di dalam, Naegi terbangun di ruang kelas yang tampaknya kosong. Karena tidak dapat memahami bagaimana ia bisa sampai di sana, Naegi mulai menjelajah, dan yang mengejutkan, ia menemukan teman-teman sekelasnya berkumpul di gedung olahraga. Saat semua orang mencoba mencari tahu apa yang terjadi, mereka dihadang oleh kepala sekolah—Monokuma, boneka beruang robot. Mainan misterius itu menjelaskan bahwa para siswa baru terjebak di dalam sekolah dengan satu-satunya cara untuk melarikan diri—membunuh teman sekelasnya tanpa ketahuan.
Ketegangan memenuhi udara saat Naegi dan teman-teman sekelasnya menyadari bahwa mereka dihadapkan dengan dua pilihan: berpartisipasi dalam permainan pembunuhan Monokuma, atau tinggal bersama di sekolah selama sisa hidup mereka.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]