Akibat pilihan gaya hidup yang buruk, tubuh manusia tertentu terus-menerus mengalami kekacauan. Dengan banyaknya kuman, bakteri, dan zat asing, tugas berbagai sel menjadi semakin sulit dan berbahaya. Sebagai beberapa sel malang yang tumbuh dalam lingkungan yang kacau ini, Sekkekkyuu AA2153 dan Hakkekkyuu U-1196 berusaha keras untuk memenuhi tugas mereka—bahkan jika itu berarti melihat banyak sel lain kehilangan nyawa saat bertugas.
Berlatar di lingkungan yang sangat berbeda dari cerita induknya, Hataraku Saibou Black menggambarkan perjuangan sel saat mereka mencoba menjaga kesehatan tubuh. Namun, kondisi manusia terus memburuk, dan apakah upaya ini akan menghasilkan sesuatu yang konkret atau tidak bergantung pada sel!
[Ditulis oleh MAL Rewrite]