Seratus tahun setelah pergeseran lempeng tektonik yang dahsyat menyebabkan sebagian besar wilayahnya tenggelam, Jepang kini berkembang pesat sebagai negara maritim. Kota-kota yang berfungsi tinggi berjejer di pesisir Jepang, dan rute laut yang dikembangkan dengan baik dipertahankan oleh kapal-kapal angkatan laut khusus. Industri kelautan berkembang pesat, dan gadis-gadis muda ingin bergabung dengan Blue Mermaids—wanita-wanita yang sangat terampil yang mengabdikan hidup mereka untuk melindungi lautan.
Setelah beberapa waktu berpisah, sahabat masa kecil Akeno Misaki dan Moeka China dipertemukan kembali di Sekolah Menengah Kelautan Putri Yokosuka. Di sana mereka bergabung dengan orang-orang lain yang memiliki impian yang sama untuk menjadi Blue Mermaids. Segera, latihan dimulai, dengan Akeno dan Moeka ditugaskan untuk memimpin kapal dan awak kapal mereka sendiri. Semuanya berjalan lancar bagi Akeno saat ia menyesuaikan diri dengan perannya sebagai kapten dan membangun persahabatan di antara sesama anggota awak kapal di atas Harekaze, sebuah kapal perusak. Namun, kegagalan mesin dan navigasi yang tak terduga segera membuat kapal mereka terdampar dan awak kapal dalam bahaya.
High School Fleet mengikuti kru Harekaze yang gagah berani saat mereka mengarungi perairan berbahaya dan rintangan lain dalam perjalanan mereka untuk menjadi Putri Duyung Biru yang lengkap.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
