Di masa depan yang misterius, organisme kristal yang disebut Gems menghuni dunia yang telah dihancurkan oleh enam meteor. Setiap Gem diberi peran untuk melawan Lunarian, spesies yang menyerang mereka untuk menghancurkan tubuh mereka dan menggunakan mereka sebagai hiasan.
Phosphophyllite, juga dikenal sebagai Phos, adalah Gem muda dan rapuh yang bermimpi membantu teman-teman mereka dalam upaya perang. Sebaliknya, mereka disuruh menyusun ensiklopedia karena kondisi mereka yang rapuh. Setelah dengan berat hati memulai tugas ini, Phos bertemu Cinnabar, seorang gem cerdas yang telah diturunkan pangkatnya untuk berpatroli di pulau terpencil pada malam hari karena racun korosif yang dihasilkan oleh tubuh mereka. Setelah melihat betapa tidak bahagianya Cinnabar, Phos memutuskan untuk mencari peran yang dapat dinikmati oleh kedua Gem yang ditolak itu. Houseki no Kuni mengikuti upaya Phos untuk menjadi berguna dan melindungi sesama Gems.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
