Gen Kudou, seorang pembuat koto, yakin bahwa cucunya yang nakal, Chika, tidak akan pernah memahami kedalaman alat musik tradisional tersebut. Dalam upaya untuk menebus kenaifannya dan memahami kata-kata mendiang kakeknya, Chika mencoba bergabung dengan Klub Koto SMA Tokise.
Meskipun klub tersebut sangat membutuhkan anggota, presiden klub yang baru, Takezou Kurata, tidak mau menerima lamaran Chika begitu saja karena reputasinya yang buruk. Meskipun demikian, setelah melihat keseriusan dan antusiasme Chika, Takezou mengizinkan anak bermasalah itu untuk bergabung, bersama dengan anak ajaib pembuat koto, Satowa Houzuki, dan tiga teman Chika yang energik. Kono Oto Tomare! mengikuti kelompok musisi yang ceria tersebut saat mereka bercita-cita untuk bermain di kompetisi nasional.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]