Bertahun-tahun yang lalu, umat manusia hampir musnah oleh serangga-serangga besar berlapis baja ajaib yang menjadi terlalu kuat dan agresif untuk ditangani. Karena serangga-serangga raksasa ini, manusia tidak lagi hidup di bumi, tetapi di kota-kota terapung. Namun, ini tidak berarti bahwa semuanya hilang, karena para penyihir dari akademi penyihir terapung bergengsi sedang melawan monster-monster ini.
Kanata Age adalah seorang pemuda yang sekarang dicap sebagai pengkhianat meskipun ia pernah dipuji sebagai “Black Master Swordsman.” Ia mendapat kesempatan untuk memperbaiki reputasinya dengan mengajar tim E601, yang tampaknya menghadapi beberapa kesulitan. Tim ini terdiri dari tiga gadis, Misora Whitale, Lecty Eisenach, dan Rico Flamel, yang masing-masing memiliki masalah mereka sendiri. Tampaknya Kanata akan terjerumus ke masalah yang lebih dari sekali karena mereka…
