Mengikuti jejak Little Busters setelah mereka kalah dalam pertandingan bisbol pertama mereka, tim tersebut memutuskan untuk mengadakan pesta panekuk. Sudah hampir satu semester sejak kembalinya Kyousuke Natsume. Seperti biasa, Riki Naoe terus membantu para anggota Little Busters—baik yang lama maupun yang baru—dalam menghadapi pergumulan batin mereka. Namun, kejadian-kejadian aneh mulai terjadi, yang membawa Rin Natsume dan Riki semakin dekat untuk mengungkap kebenaran di balik “rahasia dunia ini”.
Rin dan Rikki tidak tahu, penemuan mereka akan mengubah kehidupan sehari-hari yang damai yang diciptakan oleh Little Busters untuk selamanya. Little Busters!: Refrain mengakhiri kisah penuh warna dari para pemainnya—ditempa dengan beban emosi dan diperkuat dengan ikatan persahabatan—saat mereka berdamai dengan penyesalan dan kelemahan mereka.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]