Cinta bukanlah hal yang biasa bagi Risa Koizumi dan Atsushi Ootani, yang sama-sama berjuang untuk menemukan pasangan ideal mereka di sekolah menengah atas—tingginya 172 cm. Koizumi jauh lebih tinggi daripada gadis pada umumnya, dan Ootani jauh lebih pendek daripada pria pada umumnya, yaitu 156 cm. Untuk menambah kesulitan mereka, orang-orang yang mereka taksir jatuh cinta satu sama lain, membuat Koizumi dan Ootani menjadi bingung dan patah hati. Lebih buruk lagi, mereka bahkan dicap sebagai duo komedi oleh guru wali kelas mereka karena kepribadian mereka dan perbedaan tinggi badan yang mencolok, dan teman-teman sekelas mereka bahkan menganggap pertengkaran mereka sebagai sandiwara.
Lovely★Complex mengikuti kisah Koizumi dan Ootani saat mereka saling menyemangati untuk menemukan cinta dan menjadi sahabat karib. Terlepas dari kejenakaan mereka yang konyol, mereka segera menemukan kesamaan yang tak terduga dalam selera musik dan mode mereka. Mungkin mereka memiliki kecocokan yang belum diketahui, tetapi bisakah cinta tumbuh di antara pasangan yang tidak serasi ini?
[Ditulis oleh MAL Rewrite]