Dunia yang kita tahu sebenarnya hanya separuh dari cerita, seperti yang Takeshi Nanase temukan secara tiba-tiba pada suatu pagi di musim panas. Dalam perjalanannya menuju latihan kendo, Takeshi bertemu dengan seorang gadis pingsan dengan seragam yang tidak dikenalinya. Takeshi melakukan hal yang baik dan menyelamatkannya, dan sebagai balasannya gadis itu bangun dan secara tidak sengaja mengubahnya menjadi pengguna sihir.
Seperti yang Takeshi temukan, ada dunia tempat tinggalnya dan dunia pengguna sihir. Kebanyakan pengguna sihir hanya ingin hidup berdampingan secara damai dengan non-penyihir, tetapi ada beberapa yang memiliki ambisi lebih besar. Mui Aiba adalah seorang penyihir yang terdaftar di Akademi Sihir Subaru, tempat para pengguna sihir dapat belajar mengendalikan dan menyalurkan kekuatan mereka dan cara hidup damai dengan manusia biasa. Setelah pertemuannya yang menentukan dengan Mui, Takeshi dan teman-teman penyihir barunya Kurumi Isoshima dan Kazumi Ida memutuskan untuk mendaftar di Akademi Sihir juga.
Ketiga sahabat itu memiliki alasan berbeda untuk terus berjuang, apakah mereka berjuang untuk melarikan diri dari masa lalu atau mengejar masa depan. Mereka memiliki berbagai macam kekuatan, yang harus mereka pelajari untuk digunakan guna melawan Ghost Trailers, sekelompok penyihir yang bersedia menggunakan kekerasan untuk menegaskan keunggulan mereka atas manusia.
Dikejar oleh Ghost Trailers, Takeshi dan teman-temannya harus berlatih untuk menjadi lebih kuat, menghadapi pemimpin Trailers, dan mencegah dimulainya Perang Sihir Besar Kedua.
