Setiap hari, Aya Asagiri berpikir untuk bunuh diri. Ia terus-menerus diganggu di sekolah, dan di rumah, kakak laki-lakinya, Kaname, menyiksanya secara fisik untuk meredakan tekanan akademis yang diberikan oleh ayah mereka.
Suatu malam, saat ia terjaga dan berharap mati, sebuah situs web misterius bernama Magical Girl Site muncul di laptopnya, yang menjanjikan akan memberinya kekuatan sihir. Awalnya, ia menganggapnya sebagai lelucon yang menyeramkan, tetapi ketika ia menemukan senjata ajaib di loker sepatunya keesokan harinya, ia tidak tahu harus percaya apa. Ia memutuskan untuk membawanya, dan segera bertemu dengan para pengganggunya sekali lagi. Namun kali ini, karena putus asa dan ingin menyelamatkannya, ia menggunakan senjata itu—dan para penyerangnya diangkut ke perlintasan kereta api terdekat, tempat mereka ditabrak.
Hati nurani Aya tidak mampu menerima kenyataan bahwa ia telah membunuh dua teman sekelasnya dengan sihir, dan ia berusaha keras untuk memahami situasinya. Namun, saat ia kembali dalam masalah, ia diselamatkan oleh Tsuyuno Yatsumura, teman sekelasnya yang dapat menggunakan sihir untuk menghentikan waktu. Duo ini harus melakukan banyak hal: mereka tidak hanya harus bertarung bersama dan melawan gadis-gadis penyihir lainnya, tetapi mereka juga harus mengungkap kebenaran di balik situs web tersebut dan peristiwa apokaliptik yang dikenal sebagai “The Tempest” yang akan segera terjadi.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]