Dianggap aneh dan ditakuti oleh manusia, makhluk-makhluk aneh ini kemudian dikenal sebagai Mushi. Meskipun mereka tidak memiliki niat jahat terhadap manusia, banyak yang menderita akibat efek samping dari keberadaan dan sifat aneh mereka; mengeksploitasi Mushi tanpa memahami mereka, bahkan tanpa sengaja, dapat menyebabkan bencana dan pertikaian bagi siapa pun yang terlibat. Mushishi Zoku Shou melanjutkan kisah Mushishi Ginko dalam perjalanannya untuk membantu dunia yang terlihat agar dapat hidup berdampingan dengan Mushi.
Selama perjalanannya, Ginko menemukan berbagai individu berbakat—mereka yang dikutuk oleh keadaan dan mereka yang mempertahankan simbiosis yang rapuh dengan Mushi—yang tak pelak lagi menghadapi pertanyaan apakah manusia, yang berbakat maupun yang tersiksa, dapat mengelola tanggung jawab atas hal yang tak terlihat. Selain itu, sebagai seorang Mushishi, Ginko harus mempelajari lebih lanjut tentang makhluk-makhluk aneh ini dan memutuskan apakah ia berhak untuk mencampuri hubungan yang rumit antara Mushi dan umat manusia.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]