Bertahun-tahun yang lalu, setelah berakhirnya perang dunia yang berdarah, umat manusia berlindung di enam negara-kota yang damai dan sempurna... setidaknya di permukaan. Namun, Shion—penduduk elit negara-kota No. 6—memperoleh perspektif baru tentang dunia tempat tinggalnya, berkat pertemuan tak sengaja dengan seorang anak laki-laki misterius, Nezumi. Nezumi ternyata hanyalah satu dari banyak orang yang tinggal di gurun tandus di luar tembok utopia yang seharusnya. Namun meskipun tahu bahwa anak laki-laki lainnya adalah buronan, Shion memutuskan untuk menampungnya semalam dan melindunginya, yang mengakibatkan konsekuensi yang drastis: karena tindakannya, Shion dan ibunya kehilangan status mereka sebagai elit dan dipindahkan ke tempat lain, dan sisi gelap kota mulai terlihat. Kini, setelah sekian lama setelah pertemuan pertama mereka yang mengubah hidup, Shion dan Nezumi akhirnya dipertemukan kembali—mantan elite dan bocah yang melarikan diri itu akan memulai petualangan yang, pada waktunya, akan mengungkap rahasia No. 6 yang menghancurkan. [Ditulis oleh MAL Rewrite]
