Ilmuwan gila yang eksentrik dan mengaku dirinya sendiri Rintarou Okabe telah berubah dari dirinya yang dulu. Tertekan dan trauma setelah gagal menyelamatkan temannya Makise Kurisu, ia memutuskan untuk meninggalkan alter ego ilmuwan gilanya dan hidup sebagai mahasiswa biasa. Dikelilingi oleh teman-teman yang tidak tahu banyak tentang pengalaman perjalanan waktunya, Okabe menghabiskan hari-harinya mencoba melupakan kengerian petualangannya sendirian.
Saat bekerja sebagai resepsionis di forum teknologi perguruan tinggi, Okabe bertemu dengan Maho Hiyajo yang pendek dan pemberani, yang kemudian ternyata menjadi penerjemah di presentasi forum tersebut, yang dipimpin oleh Profesor Alexis Leskinen. Di hadapan orang banyak yang tercengang, Alexis dan Maho mengungkap Amadeus—AI revolusioner yang mampu menyimpan ingatan seseorang dan menciptakan simulasi sempurna dari orang tersebut lengkap dengan kepribadian dan keanehannya. Bertemu dengan Maho dan Alexis setelah presentasi, Okabe mengetahui bahwa keduanya adalah rekan kerja Kurisu di universitas, dan bahwa mereka telah menirunya di Amadeus. Dipekerjakan oleh Alexis untuk meneliti perilaku simulasi, Okabe diberi kesempatan untuk berinteraksi dengan bayangan seorang teman baik yang telah lama hilang. Terjerat dalam masa lalu yang berbahaya, Okabe harus menghadapi kenyataan pahit dan dengan hati-hati bermanuver di sekitar konsekuensi bencana yang datang dengan mengganggu aliran waktu alami.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
