Academy City berdiri di garis depan kemajuan ilmiah dan teknologi, yang paling dikenal karena pengembangan esper: mereka yang mampu menggunakan kemampuan manusia super yang mengubah aturan realitas. Yang paling kuat di antara mereka adalah Level 5, dan yang dikenal sebagai Accelerator berkuasa, bahkan setelah dilemahkan oleh cedera otak yang parah. Di sisinya adalah gadis muda yang dikenal sebagai Last Order, yang meskipun sikapnya dingin, ia pegang erat-erat dan bersumpah untuk melindunginya dengan segala cara.
Meskipun Accelerator mungkin sedang memulihkan diri dari cederanya, sisi gelap Academy City tidak pernah tenang, dan karenanya ia mendapati dirinya tanpa sengaja terperangkap di tengah-tengah konflik baru. Ketika seorang wanita muda misterius mendekati Accelerator untuk mengejar Last Order, esper peringkat tertinggi itu berhadapan dengan organisasi berbisa yang telah mengakar di Anti-Skill, organisasi penjaga perdamaian Academy City. Dengan kekuatan berbahaya yang bergerak yang mengancam untuk membahayakan Last Order dan saudara perempuannya, penjahat yang memproklamirkan diri itu bersiap untuk melangkah ke dalam kegelapan sekali lagi.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]